El órgano de gobierno denominado Junta de Coordinación Política se integra con cada uno de los diputados coordinadores de los grupos parlamentarios de los partidos políticos con representación en el Congreso, así como por los diputados pertenecientes a partidos políticos que cuenten con un solo escaño. La Junta de Coordinación Política expresa la pluralidad del Congreso del Estado y toma sus resoluciones por el voto ponderado de sus integrantes, quienes se constituyen en representantes de su Grupo Parlamentario, procurando el máximo consenso posible.
Conforme lo establece la Ley, una vez instalada la Legislatura, se procederá a designar formalmente a los Diputados integrantes de la Junta de Coordinación Política.
La Presidencia de la Junta de Coordinación Política, la Presidencia de la Mesa Directiva y la Presidencia del Órgano Colegiado del Instituto de Estudios Legislativos del Congreso del Estado serán rotativas y no podrán recaer en Diputados del mismo grupo parlamentario.
La Junta de Coordinación Política será el órgano de Gobierno del Congreso del Estado, encargado de organizar los trabajos para la elaboración del Plan de Desarrollo Legislativo, sus integrantes deberán presentar y acordar la Agenda Legislativa Básica para ser incorporada al Plan.
El órgano de gobierno denominado Órgano Colegiado del Instituto de Estudios Legislativos se integra por un Presidente y tres secretarios, todos ellos diputados del Congreso del Estado. El Presidente del Órgano colegiado y los tres Secretarios serán nombrados por la Junta de Coordinación Política a propuesta de los coordinadores de cada uno de los grupos parlamentarios.
Los integrantes de la Junta de Coordinación Política, deberán asistir a las reuniones de sus sesiones para considerar, conjuntamente, las acciones específicas que propicien el mejor desarrollo de las labores legislativas. Además están obligados a informar a la Junta, de la sustitución de Diputados pertenecientes a su Grupo Parlamentario en las diversas Comisiones. En el caso de que hubiese una fusión o integración de un nuevo Grupo Parlamentario la Junta de Coordinación Política informará al Pleno del Congreso para que este a su vez efectue la declaratoria y los trámites correspondientes.
Para la integración de la Mesa Directiva, la Junta de Coordinación Política presentará al Pleno del Congreso la propuesta de Diputados que integrarán la misma, así como el cargo que ocuparán.
Dentro de los primeros treinta días de instalada la legislatura, se integrarán a propuesta de la Junta de Coordinación Política las Comisiones de Dictamen Legislativo, de igual forma y solo cuando sean necesarias, se crearan a propuesta de la Junta, las Comisiones Ordinarias las cuales en ningún caso tienen facultades para dictaminar. La Junta de Coordinación Política cuidará que en ellas se encuentren representados los diferentes Grupos Parlamentarios, así como los Diputados no coordinados.
Entre las funciones que tienen las Comisiones de dictamen legislativo, corresponde a la Comisión de Gobernación, Legislación y Puntos Constitucionales remitir a la Junta de Coordinación Política: el dictamen respecto a la propuesta relativa a la licencia del Gobernador y Diputados, el dictamen respecto a las propuestas de los candidatos a ocupar los cargos de Consejeros Electorales del Consejo General Electoral del Instituto Electoral y de Participación Ciudadana de Estado, las propuestas de nombramiento o remoción del Titular de la Dirección General de Asuntos Jurídicos y los proyectos de Reglamentos que se deriven de esta Ley y sus reformas.
La Comisión de Hacienda y Presupuesto presentará a la Junta de Coordinación Política, las propuestas de nombramiento o remoción del Director del Instituto de Estudios de Economía y Finanzas Públicas.
La Comisión de Administración y Finanzas, pondrá a consideración de la Junta de Coordinación Política el anteproyecto de Presupuesto Anual de Egresos del
Poder Legislativo y conforme lo establece la Ley, la comisión está obligada a presentar ante la Junta las propuestas de nombramiento o remoción del Titular de la Dirección de Programación y Gasto Interno.
Por acuerdo del Pleno, a propuesta de la Junta de Coordinación Política, se pueden crear comités, en el que se señala su forma de integración, objeto y duración. Los comités tienen a su cargo la gestión de tareas específicas, distintas de las asignadas a las comisiones, relativas al funcionamiento del Congreso.
La Secretaría de Servicios Parlamentarios está obligada a dar asesoría a la Junta de Coordinación Política, cuando esta la requiera.
El Congreso del Estado contará con una Contraloría Interna, cuyo titular será nombrado o removido por la mayorÃa absoluta de los Diputados integrantes del Pleno del Congreso, a propuesta de la Junta de Coordinación Política.
El Congreso del Estado cuenta con una Biblioteca a través de la cual se conservan, mantienen y acrecientan los acervos bibliográficos y de otros contenidos cientÃfico, cultural o informativo. La Biblioteca contará Instituto de Estudios Legislativos, Instituto de Estudios de Economía y Finanzas Públicas del Estado y el Instituto de Estudios sobre la Opinión Pública.
En las sesiones, los Diputados ocuparán las curules sin preferencia alguna en el recinto parlamentario, por disposición del Pleno del Congreso, a petición de la Junta de Coordinación Política, cada grupo parlamentario tendrá derecho a que sus miembros se ubiquen en el salón de sesiones en asientos contiguos, en la ubicación acordada por la Comisión, tanto durante las sesiones ordinarias, extraordinarias, como en las solemnes.
Las votaciones para elegir Diputados que ocuparán algún cargo en la Mesa Directiva, se realizarán conforme a la propuesta que presente la Junta de Coordinación Política de acuerdo a lo previsto por el artículo 148 de la Ley Orgánica del Poder Legislativo del Estado de Baja California.
Como sujeto obligado en materia de transparencia y acceso a la información política gubernamental, el Congreso del Estado garantiza el acceso de toda persona a la información. El Comité de Garantía de Acceso y Transparencia de la Información del Congreso del estado es el órgano garante, especializado e imparcial, dotado de autonomía operativa y de gestión, responsable de coordinar y supervisar el adecuado cumplimiento de la ley de la materia por parte de los órganos y unidades administrativas del Congreso del Estado. El Comité de Garantía de Acceso y Transparencia de la Información es nombrado e integrado por el Pleno a propuesta de la Junta de Coordinación Política.